21世纪初，我国高教事业蓬勃发展,此时我省更是吹响了“建设经济强省、文化大省、教育大省、中医药强省”号角。历史机遇面前，学校领导班子解放思想，锐意进取，抢抓机遇，致力于寻找突破学校办学空间狭小 “瓶颈”，做大做强契机。中山市拥有国家级健康科研产业基地，发展迅猛，催生了对医药科研成果转化、医药人才培养的需求。为扩大我校办学空间，同时以我校雄厚的教学、科研资源为依托，提升中山市人文层次和医药产业竞争力，促进区域经济发展，优势互补，在多次友好探讨、磋商基础上，2003年3月31日，学校与中山市市政府签约创办“广东药学院中山校区”。协议协定：中山市政府划拨2000亩土地作为中山校区建设用地，无偿使用，配套供电、供水、道路、电信等基础设施至中山校区用地边缘，协助我校办理中山校区建设的有关手续并给予优惠政策；我校责筹集资金建设中山校区，负责校区的招生、管理、教学、管理以及科研的开展，根据社会、经济、科研发展的需要设置已有专业并创造条件设置新专业。

中山校区2004年1月首期工程破土动工，同年9月投入使用，并迎来首批1700名学生。

校区座落在中山市风景如画的五桂山风景区，南临珠海、北接中山城区，三面环山，周围山脉层峦叠嶂，山绿水明，云白风清，自然环境得天独厚。校区与中山市政府府相距7公里，校门与省道城桂路相连，交通便利。

校区占地面积2000亩。我校自筹资金建设，按“总体规划、科学论证、分期建设、滚动发展” 建设发展原则，中山校区基础设施建设历经了七期工程，完成建筑面积23.3万多平方米，同时完成校门、围墙、市政道路、中心湖区、户外运动场、绿化等配套建设及教学、生活设施、设备的配备。目前，校区校园基础设施基本完善。能容纳10800名学生同时在校区校园就读。

校区现有药事管理、中药学、中药资源与开发、食品质量与安全、食品科学与工程、化学工程与工艺、应用化学、计算机科学与技术、信息管理与信息系统、公共事业管理、市场营销、人力资源管理、保险学、经济学、国际经济与贸易等21个专业。专业分属药科学院、中药学院、医药商学院、信息工程学院、食品科学学院、医药化工学院6个二级学院。食品科学学院、医药化工学院、医药商学院等学院整体设在中山校区。

校区现有1个国家药品监督管理局药物警戒技术研究与评价重点实验室，3个省级平台（广东省药物警戒重点实验室、省级物流虚拟仿真实验室、广东省药品监督科学研究基地），1个广东省医药管理研究中心，1个省级化妆品工程中心。

校区现有在校生6650人。以本科教育为主，同时开办少量研究生教育。

校区实行由学校统一领导，延伸管理与属地管理相结合，延伸管理为主，部门职能延伸，条块结合的管理模式。教学管理方面，由学校实行“五个统一”管理：统一人才培养方案，统一教材，统一安排授课教师，统一学科专业规划，统一管理。师资、图书等资源实行四校区资源共享。校区在办学思路、办学理念、办学体制、办学模式和管理机制上不断创新，科学配置办学资源，注重内涵发展。学校、中山校区近年在异地办学管理等方面作过许多有益的尝试，并推动了中山校区异地办学管理的高效开展。

走过18年筚路蓝缕，栉风沐雨异地艰苦创办新校区的创业之路，校区办学取得一定成绩，得到省教育厅等上级部门及社会的肯定。自创办以来，校区共计为社会输送毕业生近3万人，取得了较好的办学社会办学效益。