21世纪初，我国高教事业蓬勃发展,此时我省更是吹响了“建设经济强省、文化大省、教育大省、中医药强省”号角。历史机遇面前，学校领导班子解放思想，锐意进取，抢抓机遇，致力于寻找突破学校办学空间狭小“瓶颈”，做大做强契机。中山市拥有国家级健康科研产业基地，发展迅猛，催生了对医药科研成果转化、医药人才培养的需求。为扩大我校办学空间，同时以我校雄厚的教学、科研资源为依托，提升中山市人文层次和医药产业竞争力，促进区域经济发展，优势互补，在多次友好探讨、磋商基础上，2003年3月31日，学校与中山市市政府签约创办“广东药学院中山校区”。协议协定：中山市政府划拨2000亩土地作为中山校区建设用地，无偿使用，配套供电、供水、道路、电信等基础设施至中山校区用地边缘，协助我校办理中山校区建设的有关手续并给予优惠政策；我校负责筹集资金建设中山校区，负责校区的招生、管理、教学、管理以及科研的开展，根据社会、经济、科研发展的需要设置已有专业并创造条件设置新专业。

中山校区2004年1月首期工程破土动工，同年9月投入使用，并迎来首批1780名新生。

校区座落在中山市风景如画的五桂山风景区，南临珠海、北接中山城区，三面环山，周围山脉层峦叠嶂，山绿水明，云白风清，自然环境得天独厚。校区与中山市政府府相距7公里，校门与省道城桂路相连，交通便利。

校区占地面积2000亩。我校自筹资金建设，按“总体规划、科学论证、分期建设、滚动发展”建设发展原则，中山校区基础设施建设历经了七期工程，完成建筑面积23.3万多平方米，同时完成校门、围墙、市政道路、中心湖区、户外运动场、绿化等配套建设及教学、生活设施、设备的配备。目前，校区校园基础设施基本完善。能容纳10800名学生同时在校区校园就读。

校区现有药事管理、中药学、食品质量与安全、食品科学与工程、中医学、高分子材料与工程、化学工程与工艺、化妆品科学与技术、应用化学、数字媒体技术、信息管理与信息系统、智能医学工程、公共事业管理、市场营销、人力资源管理、经济学、电子商务、物流管理、国际经济与贸易19个本科专业。涵盖医学、理学、工学、管理学四大学科，化学学科已进入ESI全球排名1%。现有应用化学、化妆品科学与技术、物流管理三个省级一流本科专业。化妆品科学与技术专业2022、2023、2024年连续三年软科专业为药学类A+专业，排名全国第一。2014年获批化妆品卫生学硕士学位点，2019年获批生物与医药专业硕士学位点，2024年获批食品与营养专业硕士学位点。专业分属医药商学院、食品科学学院、医药化工学院、医药信息工程学院、中药学院、中医学院6个二级学院。目前食品科学学院、医药化工学院、医药商学院整体设在中山校区。

校区现有广东省化妆品工程技术研究中心、广东省化妆品数字化技术重点实验室，粤港澳大湾区大健康产业技术转移示范中心、国家药品监督管理局药物警戒技术研究与评价重点实验室、卫生经济与大健康研究中心、广东省药品监督管理局药物警戒技术研究与评价重点实验室等科研平台。

校区现有在校生9478人。以本科教育为主，同时开办研究生教育。

校区实行由学校统一领导，延伸管理与属地管理相结合，延伸管理为主，部门职能延伸，条块结合的管理模式。教学管理方面，由学校实行“五个统一”管理：统一人才培养方案，统一教材，统一安排授课教师，统一学科专业规划，统一管理。师资、图书等资源实行四校区资源共享。校区在办学思路、办学理念、办学体制、办学模式和管理机制上不断创新，科学配置办学资源，注重内涵发展。学校、中山校区近年在异地办学管理等方面作过许多有益的尝试，并推动了中山校区异地办学管理的高效开展。

走过20年筚路蓝缕，栉风沐雨异地艰苦创办新校区的创业之路，校区办学取得一定成绩，得到省教育厅等上级部门及社会的肯定。自创办以来，校区共计为社会输送毕业生35000人，为推动广东省医药卫生事业的发展发挥了重要作用。(2025年5月更新)